奇迹暖暖番外1的故事围绕主角暖暖被莉莉斯王国的娜娜莉女王召唤至奇迹大陆展开。娜娜莉女王通过幻术将暖暖从原本的世界带到这个充满时尚与魔法的异世界，并赋予她改变奇迹大陆命运的重任。故事开篇描述了暖暖在苹果联邦的麦川与啵啵、绫罗等关键角色的初次相遇，这些人物将在后续剧情中成为重要伙伴。番外篇通过星之海失窃事件引入政治阴谋线索，为后续的王国叛乱埋下伏笔。
剧情核心矛盾集中在莉莉斯王国的权力斗争。总理大臣尼德霍格策划叛乱导致娜娜莉女王失踪，暖暖与同伴们被迫卷入这场宫廷政变。在寻找奇迹卷轴的过程中，故事展现了荒原共和国风谷部落的独特文化，通过图挞、兰萨等新角色的加入丰富了世界观。番外1特别强化了搭配之力的设定，将服装搭配能力转化为解决剧情冲突的关键手段，例如通过宝匣精灵的考验需要特定风格的服饰组合。
绫罗在凌云城抵抗尼德霍格军队时牺牲的情节成为重要转折点，该事件直接影响了暖暖后续的行动决策。番外1通过霍启洲焚村拒援、钟离梓协助逃脱等情节，展现了战争背景下不同角色的立场选择。铁蔷薇搭配团的介入引出了搭配师团体在政治斗争中的特殊地位，雪伊、兰萨等成员的行动为故事增加了谍战元素。
结局部分围绕海樱夺回家族珍宝展开。苹果联邦拍卖晚宴上白樱恋歌的争夺战，揭示了瑞德与查尔斯背后的商业阴谋。番外1通过灰影刺杀查尔斯的突发事件，将时尚界斗争与政治阴谋交织，最终以海樱与瑞德决裂收尾，为后续剧情留下悬念。整个番外篇通过服装搭配比赛、部落试炼、城市攻防等多样化场景，保持了奇迹暖暖系列将时尚元素与冒险故事结合的特色。
故事通过暖暖的视角逐步揭露奇迹大陆的文明危机。从最初的星之海事件到最后的白樱恋歌争夺战，番外1始终保持着明快的叙事节奏，每个章节都配有相应的服饰挑战任务。玩家在推进剧情时需要根据角色身份、场景氛围调整搭配策略，这种玩法与叙事的紧密结合是番外篇的核心设计理念。
