箱子的分类管理是资源整理的核心环节，合理分类能显著提升游戏效率。根据物品属性和用途，主流分类方法包括按材料类型、功能用途、获取阶段、生物群落关联性以及存储优先级五种体系。这些方法可单独使用或组合应用，具体选择需结合玩家当前游戏进度和资源规模。
按材料类型分类是最基础的方法，将矿石、木材、织物等原材料单独存放，便于快速查找合成所需组件。金属锭与原始矿石应分箱存储，避免混淆；药水材料需与成品药水隔离，防止误用。这种分类适合游戏初期资源量较少时使用，但随着物品数量增加，需进一步细分。
功能用途分类法将武器、防具、饰品、工具等装备类物品与建筑材料、装饰品分开管理。武器可细分为近战、远程、魔法和召唤四类，防具按套装效果归类。功能性物品如钩爪、坐骑、宠物召唤物建议单独存放，此类分类能快速匹配战斗场景需求，但需要较多箱子支持。
生物群落关联性分类针对特定环境掉落的物品，如丛林宝箱存放孢子、毒刺，地牢宝箱收纳骨头和地牢砖块。地狱箱专门管理狱岩锭和暗影物品，冰雪 biome 的箱子则存放冰雪块和寒霜核。该方法能有效支持区域化探索，但需预先规划箱子布局。
存储优先级分类适用于中后期玩家，将常用物品置于易取位置，稀有材料单独保管。消耗品如药水、弹药需放置在靠近工作区的箱子；任务物品和召唤道具应统一管理；装饰类方块可集中存放于次要区域。该方法强调存取效率，但需要定期整理维护。
高级玩家可采用自动化分类方案，利用传送带、压力板等机械装置实现物品自动分拣。此系统需大量电路知识，但能彻底解决手动分类的繁琐问题。无论采用何种方法，保持分类逻辑的一致性才是高效管理的关键。
