二周目的核心在于解锁隐藏剧情和收集强力精灵。打败四大天王后，玩家需要回到家中与父亲对话获得船票，这是开启后续剧情的关键道具。小田卷博士会将图鉴升级为全国图鉴模式，这意味着可以捕捉更多种类的精灵。水静市的魅影摩天楼是重要地点，需要在这里触发与米可利的对话并完成冠军对战任务。各地寻找冠军进行对战是提升实力的必经之路，最终需要回到水静市报告进度。
在丰缘地区会出现随机的拉帝欧斯或拉帝亚斯，具体出现哪只取决于玩家之前的选择。对战开拓区最右侧的奇怪树需要使用吼吼鲸喷壶才能触发胡说树的战斗，收服后通过冲浪进入隐藏洞窟可找到大量图图犬。气象台所长会提示异常天气的道路位置，前往该地点可以遇到70级的固拉多或盖欧卡。三神柱事件需要通过特定步骤解锁，包括在特定位置使用挖洞技能和携带特定精灵。
紫堇市右侧可以找到心之鳞片，道馆战后区域能获得驱虫喷雾剂和技能机器。帐篷中的怪力技能和卡那市的重复球都是实用道具。冠军之路需要掌握闪光、冲浪、攀瀑等秘传技能才能通过，这里也是火焰鸟的栖息地。PP提升剂和王者之证等道具通过与特定NPC对战获得，这些物品对精灵培养至关重要。
道馆挑战机制在二周目有所变化，首领使用的精灵属性更具针对性。提前了解属性相克关系能显著降低挑战难度，电属性对水系、草属性对地面系等基础克制需要熟练掌握。彩虹市的道馆迷宫和金黄市的传送点机关需要特别注意走法。浅红市道馆的透明墙壁设计增加了挑战趣味性，这些特殊道馆往往奖励稀有技能机器。
完成全图鉴收集需要关注特殊进化方式。部分精灵需要通过联机交换或携带特定道具进化，如金属外套和王者之证。异色精灵的出现概率虽低但值得尝试，红色暴鲤龙等特殊配色精灵具有收藏价值。梦世界联盟门口NPC会提示现实世界的冠军级训练师位置，这些对战能检验队伍强度。隐藏洞穴和反转世界等特殊区域往往栖息着传说精灵，探索这些地点需要耐心和技巧。
