科研中心主要分布在旧帝国遗迹区域，尤其是以科技研究中心命名的小型建筑。这些建筑通常出现在小行星稀疏区或薄雾地区，需要玩家通过战略地图定位。对接科研中心后，可获得临时舰船蓝图，包括炽热级重型火炮突击舰、CV3000级快速航空母舰等特殊舰船，但需注意基地迁移后图纸会失效。
对接科研中心的具体操作流程为：在地图中选中目标后，点击绿色对接按钮查看产量、对接效果等信息，随后派遣工程舰建造前哨站进行对接。建议使用3艘高级工程舰以缩短建造时间。科研中心对接属于基地对接类型，需通过基地迁移指令将主基地迁至对接点才能触发完整效果。不同科研中心提供的蓝图类型各异，例如战机科技研究中心产出A101战斗攻击机，护航艇科技研究中心则提供野火鱼雷舰图纸。
金属、晶体等基础资源的高效采集是维持科研中心运作的前提，建议前期重点升级通用港口和主力舰生产线至5级。采矿平台可提升10%-30%采集效率，但仅限同盟成员使用。工程舰与721运输舰混编能解决前期仓储不足问题，而科研型工程舰兼具资源采集与研发功能，是中期解锁高级舰船的关键。
战略地图是定位科研核心设施的重要工具，其中心区域显示实时宙域情报，白色方框代表己方势力范围。建立计划圈时应最大化覆盖资源点，避免重合。科研中心对接后，需在蓝图研究界面消耗技术档案开发舰船蓝图，加密技术档案产出高级蓝图的概率更高。每日150比邻星币的半价加密档案是必购项，15个技术储备可保底获得指定蓝图。
