与伙伴组队刷副本是提升效率、获取资源的重要方式。游戏支持跨服组队功能，玩家可通过创建或加入队伍，邀请好友、组织成员或跨服QQ/微信好友共同挑战副本。进入游戏后，点击决斗场或忍者小队图标，选择羁绊对决或小队激斗模式，创建队伍并邀请在线好友即可开始协作战斗。组队副本的奖励包括忍者碎片、勾玉、密卷碎片等，且通关效率远高于单人挑战。
推荐采用辅助+输出的组合，例如辅助型忍者如纲手或小樱提供治疗和解控，搭配高爆发输出忍者如鸣人、佐助或凯。站位方面，前排建议放置防御型或控制型角色，后排则安排远程或高伤害忍者。战斗中需合理分配查克拉和技能释放时机，例如辅助忍者应在第一回合末释放治疗技能，而输出角色需优先针对敌方高威胁目标。跨服组队时，队伍频道可实时沟通战术，确保配合流畅。
精英副本和挑战副本是组队刷本的重点目标。精英副本每日必刷3次，消耗体力为普通副本的双倍，但产出装备升阶材料、铜币和经验值更高，且必掉忍者碎片。挑战副本难度较高，需根据副本特性调整阵容，例如面对控制型敌人时可携带解控秘卷。组队时建议手动操作，利用副本开始前的敌方站位预览功能调整战术。若队伍中有低战力玩家，可依赖班长等忍者的混乱技能干扰敌方，提升通关容错率。
活动副本如樱与酒肥羊来袭等也支持组队参与。这类副本通常设有特殊机制，例如鸣人接樱花需精准走位收集飘落的樱花，击败酒鬼则考验快速清怪能力。组队分工可提高效率，例如一名玩家负责聚怪，另一名专注输出。活动奖励包括限定道具和称号，建议每日购买额外挑战次数以最大化收益。需注意控制资源消耗，避免因过度投入影响日常养成。
长期组队刷本需注重资源规划与成员默契培养。每日固定时间与同一队伍挑战副本可积累协作经验，熟悉彼此操作习惯。同时需合理分配体力，优先刷取当前等级急需的装备材料，避免盲目消耗。通过组队副本获取的忍者碎片和秘卷碎片应集中用于核心角色培养，以快速提升整体战力。若遇到卡关情况，可参考游戏内攻略或社区分享的低战力通关阵容进行调整。
