例如杰尼龟可从大木博士处获得初始选择，而水精灵则需要通过伊布使用水之石进化获得。菊石兽和化石盔需在月见山获取化石后前往红莲岛复活。野生原野区深处可习得冲浪术，这是探索水域捕捉水系精灵的关键技能。携带钓竿在不同水域垂钓也能遇到角金鱼、鲤鱼王等基础水系精灵，高级钓竿则可能钓到暴鲤龙等高阶精灵。
捕捉水系精灵时，精灵球的选择尤为重要。普通精灵球适合低等级水系精灵，而高级球或时间球更适合捕捉高等级或稀有精灵如乘龙。在双子岛深处使用冲浪术可遇到急冻鸟，但需注意其捕获率较低，建议先削弱其血量并附加异常状态。无人发电厂附近的水域可通过冲浪术找到闪电鸟，而灯火山顶的火焰鸟则需攀瀑术才能到达。超梦所华蓝洞窟深处虽非水系精灵栖息地，但掌握冲浪术是抵达该区域的必要条件。
游戏中期在彩虹市百货公司可购买水之石，这是进化部分水系精灵的关键道具。伊布使用水之石可进化为水精灵，而大舌贝则需要水之石进化为刺甲贝。野生原野区管理员赠送的金牙可兑换劲力技能机，用于移动障碍物探索隐藏水域。紫苑镇宝可梦商店免费领取的基础精灵球虽效果有限，但适合捕捉初期遇到的玛瑙水母等常见水系精灵。枯叶市码头乘坐圣安奴号时，船舱内训练师对战胜利后可能掉落水系技能机器。
通关后前往七岛区域能解锁更多高阶水系精灵捕捉点。四岛阴森洞穴可习得鱼跃龙门技能，用于探索瀑布上方水域。灯火山温泉附近使用战斗探测器反复挑战训练师，能快速提升水系精灵等级。一号岛火焰山右侧山洞获取红宝石后，可解锁特殊事件遇到盖欧卡。双子岛推岩石堵瀑布的顺序必须遵循上→右→下→左才能抵达急冻鸟所在位置，错误操作会导致水流重置。
水系精灵培养需注意技能搭配，高压水炮、冲浪等本系技能可通过技能机器学习。游戏厅用代币兑换的影子球技能机可弥补超能力系弱点。携带神秘水滴道具能增强水系技能威力，而剩饭则适合消耗型水系精灵。通过饲育屋培育的水系精灵个体值较高，但需支付相应费用。最终通关阵容推荐搭配暴鲤龙、水箭龟等兼具攻击与防御的水系精灵，其进化链需全程关注等级提升与技能学习时机。
